In de vorige eeuw broedden Klapeksters nog in ons land. Door de jaren heen werd de soort echter steeds schaarser. De afnemende trend bleef doorzetten en sinds 2002 is er geen broedgeval meer vastgesteld in Nederland.
In de trektijd zakken Scandinavische vogels af naar het zuiden. Ze worden dan redelijk vaak in Nederland gezien. Een deel van deze vogels blijft overwinteren. Voornamelijk op heideterreinen zijn daarom in de winter Klapeksters waar te nemen.